本系為台北帝國大學於1928年創校時最早設立的學系之一。前身為理農學部農藝化學科。1945年台灣光復後，本校改制為國立台灣大學，本系以原日治時代農藝化學科為基礎，合併農學院其他科系部分講座，更名為農學院農業化學系。由於師資陣容堅強，設備完善，旋即於1947年成立研究所碩士班；1961年大學部分兩組：農產製造組與土壤肥料組；1968年更成立博士班，是國立臺灣大學農學院歷史最悠久，體制最完備的科系。本系歷史悠久，成立至今已有七十年，在全體師生的共同耕耘下，我們有輝煌的歷史和燦爛的前程。

        本系今後除在微生物與生物技術、農產加工與利用和環境科學方面繼續研究發展外，生物化學、食品化學、土壤學、土壤污染調查評估及整治、植物營養和農藥等方面亦將齊頭並進，教學與研究並重，理論與應用兼顧。提昇國內農業 、微生物與生物科技之水準並提供農工業技術服務。