農業化學乃應用化學的知識技術，配合物理科學與生命科學，探究並解決直接與間接的農業生產各環節所存在的問題，同時提昇農產品的價值。

傳統上，農業化學乃是應用化學的知識技術，以促進農業生產的效率，提高產品的價值。例如：農藥與肥料之研發製造，土壤理化性質、作物生化代謝，農產品化學成份及營養價值等的研究與改良，農產品的加工及利用農產品或農產廢棄物生產高經濟價值的製品等。

現代的農業化學，則綜合了化學、物理化學及生命科學的知識與技術，擴大應用於農業生產環境的保護與控制以及生物資源的高度利用。例如：農業生產對土壤及環境衝擊的研究與管制，農藥與肥料於環境中之動向監測、污染的防治、環境及食品微生物之監測、生物技術應用於高價值醫療用品及食品材料的產製研發，農業與食品相關之植物與微生物之分子生物學研究，食品成份與營養保健相關研究等。

         本系大學部與研究所分為土壤與環境科學、植物生理與化學、微生物與生物科技、及生物資源利用等四學群。教學與研究的目標是將化學知識運用到生物技術、環境保護、 土壤污染調查評估與整治、農產加工、生物化學、土壤肥力、植物營養和農藥的發展上。

本系（所）目前除擁有一棟三層樓的農化館及一棟五層樓之新建系館外，尚有土壤環境化學研究室、土壤調查研究室及玻璃溫室等。

本系（所）並成立課程教學、儀器設備委員會、人事福利及系務發展規劃委員會、學生事務發展委員會、招生委員會與系獎學金委員會等五個委員會，為本系的教學、研究及人事聘任升遷及系務的發展等作完善的規劃。為配合時代的需要，加強基礎課程，並為本系推動學程制度奠基，大學部課程經系務會議修正通過系訂課程，並自92學年 度起在學學生新舊生同時實施。