1945年臺灣光復後，於11月15日奉行政院令，在臺北帝國大學原址改制成立國立臺灣大學，而本系由臺北帝國大學時期之農學部中之七個講座及一個研究室合併而成，更名為農學院農業化學系。
本系成立後，將原有各講座改稱研究室，初設土壤學、肥料學、食品化學、營養化學、 生物化學、應用微生物學、製糖化學、醱酵化學、纖維化學等九個研究室，後來增設農藥研究室及土壤調查與分類研究室，並將肥料學研究室改為植物營養學研究室，製糖化學研究室改稱為農產利用化學研究室。
2003年8月起，18位教師移撥至新成立的生命科學院生化科技學系、微生物與生化學研究所; 18位教師留在本院，本系系名仍為農業化學系。
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土壤學研究室
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陳振鐸 教授
任教期間1945-1977
1945年臺灣光復，成立臺灣大學，農藝化學第一講座分為土壤學研究室及肥料研究室。
陳振鐸 教授擔任本系第1任系主任。
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張守敬 教授
任教期間1957-1967
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洪崑煌 教授
任教期間1963-2002
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王明光 教授
任教期間1987-2012
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賴朝明 教授
任教期間1980-2011
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何聖賓 副教授
任教期間1987-2008
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李達源 教授
任教期間1989-2024
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土壤調查與分類研究室
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張仲民 教授
任教期間1946-1988
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陳尊賢 教授
任教期間1984-2017
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植物營養學研究室
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徐水泉 教授
任教期間 1945-1954
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林鴻淇 教授
任教期間 1963-2004
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張則周 教授
任教期間 1974-2000
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鍾仁賜 教授
任教期間 1984-2015
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吳三和 副教授
任教期間 1991-2007
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陳建德 助理教授
任教期間 2003-2010
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食品化學研究室
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彭濟生 教授
任教期間 1949-1980
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張為憲 教授
任教期間 1951-1997
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李敏雄 教授
任教期間 1973-2009
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應用微生物學研究室
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魏喦壽 教授
任教期間 1945-1950
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王西華 教授
任教期間 1955-1996
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陳幼石 教授
任教期間 1964-1981
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林良平 教授
任教期間 1969-2004
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楊盛行 教授
任教期間 1974-2003
(2003/8 服務於生化科技學系)
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蔡新 教授
任教期間 1987-1995
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許瑞祥 教授
任教期間 1981-2003
(2003/8 服務於生化科技學系)
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李佳音 教授
任教期間 1989-2021
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黃慶璨 教授
任教期間 1997-2003
(2003/8 服務於生化科技學系)
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農產利用化學研究室
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謝伯東 教授
任教期間 1941-1957
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楊建澤 教授
任教期間 1959-1998
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蔡錫舜 教授
任教期間 1965-1996
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潘子明 教授
任教期間 1998-2003
(2003/8 服務於生化科技學系)
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陳建源 教授
任教期間 1995-2003
(2003/8 服務於生化科技學系)
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張本庚 副教授
任教期間 1946-1957
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農藥暨環境毒物研究室
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陳玉麟 教授
任教期間 1942-1996
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王一雄 教授
任教期間 1974-2009
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生物化學研究室
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何芳陔 教授
任教期間 1948-1960
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蘇仲卿 教授
任教期間 1950-1999
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宋賢一 教授
任教期間 1971-2003
(2003/8 服務於生化科技學系)
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丁一倪 教授
任教期間 1971-2008
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李門輝 教授
任教期間 1982-1993
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李平篤 教授
任教期間 1977-2003
(2003/8 服務於生化科技學系)
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陳慶三 教授
任教期間 1989-1999
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莊榮輝 教授
任教期間 1980-2003
(2003/8 服務於生化科技學系)
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王愛玉 教授
任教期間 1993-2003
(2003/8 服務於生化科技學系)
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楊健志 教授
任教期間 1999-2003
(2003/8 服務於生化科技學系)
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營養化學研究室
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楊祖馨 教授
任教期間 1945-1982
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黃青真 教授
任教期間 1984-2003
(2003/8 服務於生化科技學系)
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蕭寧馨 教授
任教期間 1988-2003
(2003/8 服務於生化科技學系)
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林璧鳳 教授
任教期間 1991-2003
(2003/8 服務於生化科技學系)
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醱酵化學研究室
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劉伯文 教授
任教期間 1947-1973
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蘇遠志 教授
任教期間 1963-1999
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劉文雄 教授
任教期間 1973-2003
(2003/8 服務於生化科技學系)
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黃健雄 教授
任教期間 1983-2003
(2003/8 服務於生化科技學系)
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劉俊民 副教授
任教期間 1991-2003
(2003/8 服務於生化科技學系)
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李昆達 教授
任教期間 2000-2003
(2003/8 服務於生化科技學系)
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